John Gavin Malkovich nasceu em Christopher, Illinois, filho de Joe Anne (Choisser), dona de um jornal local, e de Daniel Leon Malkovich, diretor estadual de conservação. Os seus avós paternos eram croatas. Em 1976, Malkovich juntou-se ao Teatro Steppenwolf, de Chicago, recém-fundado pelo seu amigo Gary Sinise. Depois disso, foram necessários sete anos para que Malkovich aparecesse em Nova York e vencesse um Obie na peça "True West", de Sam Shepard. Em 1984, Malkovich contracenou com Dustin Hoffman no revival da Broadway de "Death of a Salesman", o que lhe renderia um Emmy quando foi transformado num filme para televisão no ano seguinte. A sua estréia na tela grande foi como cego inquilino em Places in the Heart (1984), que lhe rendeu uma nomeação ao Oscar de melhor ator secundário. Outros filmes se seguiram que ajudaram a subir a sua posição na indústria. Malkovich retornou periodicamente a Chicago para agir e dirigir.